Gmina Kęsowo położona jest w zlewniach trzech rzek w dorzeczu Brdy. Południowo - zachodnia część gminy należy do zlewni Kamionki, niewielki północny fragment gminy do zlewni Raciąskiej Strugi, a pozostały obszar  do zlewni Kiczy.

Kamionka

Kamionka jest największym pod względem powierzchni zlewni dopływem Brdy. Odwadnia bowiem obszar o powierzchni 495,5 km2. Źródła rzeki znajdują się w okolicy Nieżychowic. Uchodzi do Zbiornika Koronowskiego w rejonie Gostycyna. Zlewnia Kamionki (włącznie z fragmentem położonym w obrębie gminy Kęsowo) jest obszarem rolniczym, a lasy porastają jedynie najwyższe wzniesienia morenowe oraz sandr Brdy. Zasadniczy fragment zlewni Kamionki położony na terenie gminy Kęsowo (w okolicach Przymuszewa i Drożdzienicy) stanowią liczne bezimienne cieki naturalne oraz sztuczne rowy zasilające strugę o nazwie Wytrych. Struga ta poprzez jezioro Zaręba (południowa granica gminy) zasila Kamionkę. Rzeka od miejscowości Pamiętowo płynie na wschód na granicy gminy.

Raciąska Struga

Za górny odcinek Raciąskiej Strugi uważana jest Struga Ciechocińska. Poniżej Jeziora Grochowskiego stanowiącego najbardziej na północ wysunięty fragment granicy gminy Kęsowo ciek ten przyjmuje wody z bifurkującego jeziora Wysockiego i nosi nazwę Raciąskiej Strugi. Drugie ramię wypływające z jeziora Wysockiego przepływa przez jezioro Śpierewnik do którego z kolei wpada Suska Struga. Odpływ z jeziora Śpierewnik łączy się z nurtem Raciąskiej Strugi w 4,8 km jej biegu. Rzeka uchodzi do Brdy w okolicy Nadolnej Karczmy, odwadniając obszar o powierzchni 231,6 km2.

Kicz

Kicz jest niewielkim prawobocznym dopływem Brdy, którego powierzchnia zlewni wynosi 98,7 km2. Wypływa na terenie gminy Kęsowo z jeziora Głęboczek położonego na północ od miejscowości Żalno, następnie na terenie gminy Kęsowo przepływa przez dwa jeziora Żalno i Tuchółka, natomiast uchodzi do Brdy w okolicy Tucholi.

Większe jeziora gminy Kęsowo

● Czarne (Drożdżenica) - pow. 5,89
● Czarne (Kęsowo) - pow. 5,14
● Głęboczek - pow. 16,0
● Grochowskie - pow. 57,12, głębokość maks. 5,0 m, średnia 2,2 m
● Kęsowo - pow. 20,99
● Obrowo - pow. 14,55
● Piastoszyn
● Silno
● Tuchółka - pow. 45,24
● Zamkowe
● Żalno - pow. 54,51
● Jeleńcz - pow. 2,61